3. EasyMultiProfiler内置示例数据

EasyMultiProfiler包内置了示例MAE对象,其包含了一项横断面研究设计的临床研究的示例数据(并非来自于真实的研究),涉及粪便样本的五个组学项目。

  • taxonomy(16s rRNA基因测序的物种注释)
  • geno_ko(微生物功能基因的KO注释)
  • geno_ec(微生物功能基因的ec酶注释)
  • untarget_metabol(非靶向代谢组学数据)
  • host_gene(宿主基因数据)

3.1 载入MAE对象

data(MAE)

3.2 组学项目的概览

EasyMultiProfiler 提供了快捷数据概览模块,便于用户从三个维度快速查看MAE对象内存储的数据情况。Data dimention显示每个组学项目内实验数据的样本数目和特征数目,以及组学项目内实验数据的数据格式(包括FPKM、relative、TPM等;由用户在导入时指定)。Data information显示组学项目内样本相关数据的分类数目(例如:受试者基本信息的种类数目)和组学项目内特征相关数据的分类数目(例如:微生物组学数据的界门纲目科属种株)。Data miss显示组学项目内实验数据的样本缺失情况和特征缺失情况。详见本教程7.4章节。

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